Esta técnica es muy usada en los laboratorios, sobre todo en los de biología molecular, debido que se utiliza en procedimientos importantes como: separación, análisis y purificación de ARN, ADN, o proteínas, ácidos nucleicos, este proceso se realiza debido a que la mayoría de las biomoléculas tienen una carga eléctrica donde su magnitud depende del pH del medio en el que se encuentran; a causa de esto las biomoléculas se desplazan cuando se someten a un campo eléctrico hacia el polo de carga opuesta al de la molécula.
Su funcionamiento es un proceso sencillo, separa las moléculas según su tamaño y carga eléctrica, para esto se utiliza una corriente eléctrica que impulsa a desplazar las moléculas a través de un gel o de otra matriz., luego los poros del gel actúan como un tamiz, permitiendo que las moléculas más pequeñas se muevan más rápido que las moléculas más grandes, para conocer el tamaño de las moléculas de una muestra, se comparan con los estándares de tamaños establecidos que se separan en el mismo gel.